保税地域から運送業者を挟んで当社に輸入した場合ってどうなるの?

消費税法上、輸入取引については、


2  保税地域から引き取られる外国貨物には、この法律により、消費税を課する。

として、保税地域から引き取る際に消費税が課せられます。
さて、講師の先生が言ってたのですが、実務上保税地域から引き取るのは運送業者さんであることが多いのだそうです。

    消費税(on商品価格)
運送業者<=>保税地域

さて、ここで疑問が出てくるのです。
運送業者さんは自分が買ったものでもないのに消費税を払うことになります。
選択肢は二つ

一つ目
その消費税分を当社に要求する(運送業者なので「輸入品価格に転嫁」ということはないでしょうから。役務の提供でもないからさらに消費税が係ることもない、と思う)
二つ目
消費税を委託手数料(?)に含めて請求(こうすると役務の提供に含まれて、さらに消費税がかかったりして)

書いててちょっと整理が付いてきたかも。きっと一つ目の方だろうと思う。

でもでも〜、そういえば運送会社ってきっと輸入商品価格も立て替えてるよね。そうなると、輸入品を当社に受け渡す際に「国内において、事業者が行った資産の譲渡等」にあてはまって商品価格に消費税がまたかかるんじゃ?そういうもん?

  消費税(on“商品価格”、運送料金)
当社<=>運送業

わけわかんなくなってきた。誰か知ってる方教えて下さい、おねがいします。